Mange slags kræft er ikke bare én sygdom. Den er forskellig alt efter hvilke gener, der forårsager den. Men for at give den bedste behandling, er man nødt til at vide hvilke gener, der startede den. Ofte ved man bare slet ikke, hvilke gener man skal lede efter.
– Det er selvfølgeligt meget vigtigt, at vi ved præcis hvilke gener, der fører til kræft i den enkelte patient, så vi kan designe den optimale terapeutiske strategi fokuseret på individet – det er netop det, vores nye resultater og metode kan hjælpe med, fortæller Kasper Lage, der har sit eget laboratorium på Broad Institute i Boston, USA, om den nye metode, der netop er blevet offentliggjort i Nature Methods.
Kræft dannes ved, at mutationer i bestemte gener i en celle får den til at dele sig ukontrollabelt – så tumorerne opstår. Når man kan identificere hvilke gener, der muterer og starter sygdommen, er man nået langt. Men når det fx gælder lungekræft, kender vi kun den genetiske baggrund for sygdomme i godt 2/3 dele af sygdomstilfældene. Med den nye metode håber forskeren at kunne flere.
Nyfundne gener kunne forklare 10% af kræfttilfældene
Metoden Kasper Lage har udviklet er statistisk, og dermed en ny måde at angribe identifikationen af gener, der giver kræft – de såkaldte oncogener. Først fik Kasper Lage fat i godt 4700 tumorgenomer fra lungekræftpatienter. På forhånd kendte forskerne godt til 220 gener, der spillede en rolle i lungekræft, men der var flere at finde, skulle det vise sig.
– I vores metode bruger vi computermodellering af cancer geners sociale netværk til at scanne over 4.700 cancer genomer. På den måde identificerede vi 62 nye cancer gener, der i første omgang var blevet ‘overset’ af andre metoder.
Så, altså hvis jeg kan identificere alle dine venner på facebook, men faktisk ikke kender dig, kan vores computermodel finde frem til dig, alene ud fra dine venner.
Dermed havde forskerne altså 62 gener, der muligvis kunne være arnested for lungekræften. Men kun ”muligvis”. På det tidspunkt kendte de ikke styrken af deres statistiske værktøj, så for at validere deres resultat, manipulerede de netop de 62 gener i museforsøg. Og her fandt de, at godt 1/3 del af de gener deres statistiske værktøj havde fundet, faktisk kunne give kræft i musene. Så var det tid at gå tilbage til de humane kræfttumorer.
– Da vi så gik tilbage i kræfttumorerne fra patienterne og genanalyserede data, fandt vi to hidtil ukendte gener, der kunne forklare den genetiske baggrund hos godt 10% af patienterne. Det var jo fantastisk. For selv om der i dag findes gode metoder til at identificere kræftgener, viser det her studie jo, at vi nu har endnu et værktøj i værktøjskassen, når vi skal forstå den genetiske baggrund for kræft.
Metoden virker ved at se på de sociale netværk, generne har. Gener hænger sammen lidt på samme måde som sociale netværk mellem mennesker, forklarer Kasper Lage:
– Så, altså hvis jeg kan identificere alle dine venner på facebook, men faktisk ikke kender dig, kan vores computermodel finde frem til dig, alene ud fra dine venner. Det er lidt på samme måde med kræftgener. Hvis et specifikt gen er aktivt, er der stor sandsynlighed for, at andre også er det. De hænger sammen, kan man sige. Så når vi bare kender nogle af generne, kan vi udpege nye gener, der måske har en betydning for kræft.
Den personlige medicins fremtid
Der er ingen tvivl om at personlig medicin, hvor man kender den genetiske baggrund, er vejen frem for behandlingen af mange kræftpatienter.
I 2015 sagde daværende forskningsleder i kræftens bekæmpelse, Nils Brünner:
Lige nu må lægerne ofte prøve sig frem, indtil de finder den medicin, der virker på den enkelte patient. Det kan vi ændre på med Personlig Medicin
– Omkring 75 pct. af alle kræftpatienter har ingen gavn af den medicin, de får. Det betyder, at disse patienter får medicin som reelt kun giver dem bivirkninger – og det både kan og bør vi ændre på ved at satse langt mere på personlig medicin.
På den baggrund satte danske regioner og regeringen for et års tid siden godt 100 mio. kr. af på finansloven for 2017 til en ny national strategi for personlig medicin, der blandt andet skal indeholde opbygningen af et Nationalt genom center
– Lige nu må lægerne ofte prøve sig frem, indtil de finder den medicin, der virker på den enkelte patient. Det kan vi ændre på med Personlig Medicin og gøre behandlingen mere effektiv og med færre bivirkninger, sagde sundhedsminister Ellen Trane Nørby og fortsatte:
– Derfor er jeg meget tilfreds med, at vi med den nye nationale strategi samarbejder om behandling, forskning, viden og investeringer.
Værktøj er åbent for alle
Der findes allerede i dag gode metoder til at identificere oncogener, men med den nye metode får vi endnu et værktøj. Og Kasper Lage håber, det kan blive ved med at vokse.
– Den computermodel vi har udviklet, har vi delt som open source software med kræftforskere over hele verden, så andre kan gen analysere de tumor genomer, de har liggende og forhåbentligt gøre lige så vigtige nye opdagelser i de patientprøver, de har adgang til. Desuden er computermodellen blevet inkorporeret i Broad Instituttets ‘Firecloud’, som nok er den førende cloud-baserede cancer genom analyse platform i verden. Og metoden kan bruges på mange andre kræftformer end lungekræft.
